云南有着丰富的植物、昆虫资源，对于农业研究所而言这是先天的优势条件。据统计，仅在1938年~1941年间，农业研究所产生各类论文及研究报告共计52篇，其中植物病理组18篇、昆虫组17篇、植物生理组17篇。

　　任之恭关于战时教育的看法在特种研究所内具有一定的代表性，他认为在昆明的教室和实验室里，导师最大的责任是让新一代研究者在智力上保持活力和健康，防止科学的土壤变得贫瘠荒芜。在特种研究所里，年轻人的科学才华并没有受到战争环境的摧残，反而在导师们的指导下得以储备和发展，并在后来的工作中取得了更大的成绩。

　　金属研究所在采矿、冶金学方面，特别是合金研究与炼制技术领域，与滇北矿务公司、川康铜矿管理处、海口某兵工厂、贵阳某兵工分厂等均有合作，尤其是王遵明关于高度热电压合金的发明，对各厂的合金冶炼技术产生了较大贡献。理论研究方面则以X射线与晶体构造的成就最为突出，如余瑞璜在1942年一年之内发表于英国 《自然》（Nature）杂志的文章多达3篇，其中《从X射线衍射的相对强度计算绝对强度》一文开辟了强度统计学的整个科学领域。

　　清华在早期创办大学的过程中，逐渐认识到，“在充实大学本科各系之外，应并注重于研究工作之推进”。1931年九一八事变后日本侵华的野心进一步膨胀，清华更加感到急需发展那些与国防有密切关系的科研，希望能服务于国家备战和建设的迫切要求。

　　伴随着特种研究事业的发展，其所在地“大普吉”也逐渐成为当时远近闻名的学术研究与交流中心。英国科学家李约瑟（Joseph Needham）曾于1942年、1945年两次来这里讲学、访问，他对以汤佩松为代表的清华特种研究人员的评价是“在诚挚的气氛中把年轻有为的科学工作者团结在周围以储备人才”。

　　虽然战时环境对于设备、经费产生诸多限制，但是师生们仍以高昂的热情开展研究，农业、航空、无线电、金属、国情普查等特种研究所均制定了明确的目标和任务，结合抗战时期国防、建设的各种应用性问题，围绕相应学科开展学术研究，开展了大量卓有成效的工作。

　　华北地区的局势日渐紧张，清华大学在作好南迁准备之时，也开始利用庚款基金的利息单独筹办了农业、航空、无线个特种研究所。其中，农业研究所1934年成立于北平，航空研究所1936年设于南昌，无线年筹办于长沙，金属研究所、国情普查研究所1938年在昆明成立。

　　抗战胜利后，特种研究所的各个机构随清华大学复员北上，分别并入各院系，随后又在院系调整中进入有关的高校、中国科学院和其他研究机构，为新中国的农业、生物、航空航天、冶金、气象研究以及历次人口普查工作均作出了极大的贡献。

　　并开展农业普查、矿区调查等。1938年8月，学术研究方面则出版有《近代中国人口普查》等著作。国情普查研究所专注于人口等国情的普查工作。形成《云南省户籍示范工作报告》。国情普查研究所还在呈贡、昆阳两县逐步试点推广人事登记，该所选定云南呈贡县为实验区进行人口普查！

　　在抗日战争这个中华民族既艰苦卓绝又伟大壮阔的历史进程中，清华大学的师生们发愤图强、恪尽职守，克服种种困难努力办学。其中，特种研究所作为清华自办的学术研究机构，在服务抗战、致力科学、为国储才等方面均作出了自己独特的贡献。

　　以出生、死亡、婚姻、迁徙为登记项目；由张景廉、戴振铎、王天眷等研制做成多套军用无线电机、航空用短距离通话机等。与云南省民政厅合作开展环湖市县的人口普查，第1排左6为吴有训，全过程试验使用科学的人口普查方法，无线电研究所也取得相当成绩，1941年冬，并形成 《云南呈贡县人口普查初步报告》。所长陈达曾于1947年~1949年间担任世界人口学会副会长等学术职务。其中任之恭、孟昭英等人有3篇文章发表于1941年美国的《无线电工程师协会会刊》。调查范围4县1市约70万人口，理论研究方面，身后站立者为梅贻琦，这是中国最早的一次地区性人口普查示范工作。此外，无线电研究所直接服务于军事需要，昆明市大普吉的清华大学特种研究所人员合影。右边为叶企孙。

　　农业研究所植物生理组的实验室是该学科领域在西南后方唯一的一个相当稳定和活跃的实验室，所以吸引了来自西南联合大学、浙江大学、华中大学的多位同学，还接纳了当时留学生考试基金会录取的若干名留学生在出国之前进行见习研究。在汤佩松的领导下，几乎每周都有一个下午召开本实验室的学术讨论会或工作进度报告会。

　　梅贻琦校长在介绍特种研究所工作时，明确提出以下主张：“吾人以为研究事业特别在创始之际，规模不宜扩张，贵在认清途径，选定题材，由小而大，由近而远，然后精力可以专注，工作可以切实，至于成效，虽不可预期，然积渐积久，必有相当之收获也。”

　　航空研究所与西南联大航空工程系在距离上非常接近，相互开展合作研究与教学，研究所的研究人员都在航空系任课，而为了便于航空系的教授开展研究工作，航空研究所也为他们开辟了专门的房间。每年航空系学生的空气动力学实验，也都在研究所的风洞中进行。此外，双方还合作编译了 《应用空气动力学》、《理论气象学》等八部教科书和参考书。

　　航空研究所的风洞建造和试验最为著名，早在1936年4月的北平就曾自制过5英尺航空风洞，由华敦德 （Frank L. Wattendorf）、王士倬、冯桂连、张捷迁等联合撰写的试验风洞论文，被评为中国工程师学会1936年会的第一名得奖论文。

　　无线电研究所的研究人员除讲授西南联大物理系的“无线电原理”、“实用无线电学”，电机系的“电磁学”、“实用电子学”等课程外，也同样指导了10余位年轻人，其中有些后来成为美国工程科学院院士、中国科学院学部委员。该所还制定有《本所研究人员工作报告之规定》，要求每两个星期举行工作报告会一次，报告人须提前一周提交报告及摘要，会后同所提的意见全部存档，确有价值的还将推荐发表。此外，金属研究所、国情普查研究所也分别与西南联大物理系、社会系合作，在人才培养方面取得了相当的成绩。

　　这5个研究所实际上是7个研究机构，因为农业研究所下设的植物病理研究组、昆虫研究组、植物生理研究组的业务、人员、经费和场所都是独立的，各组的主任分别由戴芳澜、刘崇乐、汤佩松担任。其余航空、无线个研究所的所长，则长期由庄前鼎、任之恭、吴有训、陈达担任。所有这些研究机构的研究目标及各项工作，均由叶企孙负责直接指导，他是由教授会选举、校长委任的特种研究所委员会的主席。